D''acord amb les directrius de  l'OIT  en els seus Convenis 16, sobre examen mèdic dels menors, 73, sobre examen mèdic de la gent de mar, i 113, sobre examen mèdic dels pescadors, l'ISM  realitza de manera gratuïta, reconeixements mèdics d'embarcament marítim per a tots els treballadors del mar.

Aquests reconeixements mèdics, que són previs a l'enrolament dels mariners i tenen caràcter obligatori, tenen com a objectiu garantir que les condicions psicofísiques del sol·licitant són compatibles amb les característiques del seu lloc de treball i no suposin cap perill per a la salut i seguretat de la seva persona ni de la resta de la tripulació. Aquestes condicions tampoc han de posar en risc la navegació marítima.

Els reconeixements mèdics no tan sols garanteixen que el treballador accedeixi al vaixell en les millors condicions psicofísiques possibles, sinó que, a més i des del punt de vista sanitari, són el punt de partida per conèixer l'estat de salut de la població treballadora, fet que suposa un suport important davant l'eventualitat que el treballador necessiti una assistència mèdica a bord des de les distintes unitats assistencials del Programa de Sanitat Marítima.

Perquè se'ls practiqui el reconeixement mèdic d'embarcament marítim, segons allò que disposa el Reial decret 1696/2007, de 14 de desembre, els interessats, que cal que siguin majors de setze anys i no trobar-se en situació d'incapacitat temporal o baixa mèdica ni en el període de suspensió de la relació laboral per situació de risc durant l'embaràs, cal que sol·licitin a qualsevol dels Centres de Sanitat Marítima de l'ISM, a les direccions provincials i direccions locals de l'ISM, i complir els requisits següents:

• Els sol·licitants amb nacionalitat espanyola han de presentar llibreta marítima i un document que acrediti que han superat el curs de formació bàsica o equivalent de conformitat amb la secció A-VI/1 del Codi de Formació del Conveni STCW-78/95.
• Els ciutadans de la Unió Europea o d'algun Estat que sigui part de l'Acord de l'Espai Econòmic Europeu han de presentar el seu número d'identitat d'estrangers, passaport o targeta de residència i estar en possessió d'un certificat segons el qual han superat el curs de formació bàsica o equivalent de conformitat amb la secció A-VI/1 del Codi de Formació del Conveni STCW-78/95.
• Si es tracta d'un ciutadà d'un país no contemplat en els apartats anteriors, ha de presentar el seu número d'identitat d'estrangers, passaport o targeta de residència i un permís de treball o autorització equivalent i un certificat segons el qual ha superat el curs de  formació bàsica o equivalent de conformitat amb la secció A-VI/1 del Codi de Formació del Conveni STCW-78/95.
• Els bussejadors professionals, a més, cal que estiguin en situació d'alta o assimilada a la de l'alta en el Règim especial de la Seguretat Social dels treballadors del mar. Així mateix, han d'aportar una llibreta marítima on consti un enrolament en els tres darrers anys i llibreta d'activitats subaquàtiques.

En tot cas, l'ISM, en els reconeixements mèdics periòdics previs a l'embarcament, s'anticipa als treballadors enviant-los cartes informatives en què els recorda el venciment de l'anterior reconeixement i la necessitat de la seva renovació a qualsevol dels Centres de Sanitat Marítima de l'ISM, a les direccions provincials i direccions locals de l'ISM.

El temps de vigència del reconeixement mèdic es determina en cada cas pel metge que el realitzi, en funció de l'estat de salut del reconegut, de la seva edat i de la mena de feina que cal efectuar, amb un límit màxim de validesa de dos anys en general i d'un si es tracta de menors de 21 anys o de persones de més de 50.

L'article 9 del Conveni 164 de l'Organització Internacional del Treball, sobre la protecció de la salut i l'assistència mèdica de la gent del mar, de 1987, estableix que les persones encarregades de l'assistència mèdica a bord que no siguin metges, han d'haver realitzat satisfactòriament un curs aprovat per l'autoritat competent de formació teòrica i pràctica en matèria d'assistència mèdica i establir una formació elemental i una altra del més alt nivell en funció del tonatge del vaixell i del temps de demora en l'obtenció d'una assistència mèdica qualificada.

En aquest sentit, el Reial decret 258/1999, de 12 de febrer, pel qual s'estableixen condicions mínimes sobre la protecció de la salut i l'assistència mèdica dels treballadors del mar (BOE  del 24 de febrer) regula determinades matèries bàsiques en relació amb la protecció sanitària dels treballadors del mar: els continguts de les farmacioles a bord de les embarcacions, incloent-hi la Guia sanitària a bord, les instal·lacions mínimes sanitàries a bord dels vaixells, la formació sanitària obligatòria dels tripulants i la designació del Centre Radiomèdic de l'Institut Social de la Marina com a centre d'assistència sanitària permanent a la flota.

Amb posterioritat, l'Ordre PRE/646/2004, de 5 de març, estableix els continguts mínim dels programes de formació sanitària específica i les condicions per a l'expedició i homologació del certificat de formació sanitària dels treballadors del mar. Es creen dos certificats de formació sanitària per als treballadors del mar:

• Formació sanitària específica inicial: És l'equivalent a la formació en primers auxilis a bord establerta a la regla VI/4, apartat 2 de l'Annex I de la Directiva 2001/25/CE, relativa al nivell mínim de formació en professions marítimes (regla VI/4-2 del STCW-78/95, secció A-VI/4-1). Estan obligats a estar en possessió d'aquest certificat: tots els oficials encarregats de la guàrdia a la sala de màquines.
  Els capitans, patrons i oficials que s'hagin d'encarregar de la guàrdia de navegació en embarcacions obligades a dur la farmaciola C, segons el que disposa l'Reial decret 258/1999, de 12 de febrer.
• Formació sanitària específica avançada: És l'equivalent a la formació en assistència mèdica a bord establerta a la regla VI/4, apartat 1 de l'Annex I de la Directiva 2001/25/CE, relativa al nivell mínim de formació en professions marítimes (regla VI/4-1 del STCW-78/95, secció A-VI/4-2). Obligatòria per a:
  Els capitans, patrons i oficials que s'hagin d'encarregar de la guàrdia de navegació en vaixells obligats a dur la farmaciola A o B, segons allò que disposa el Reial decret 258/1999, de 12 de febrer.

Els certificats de la formació sanitària específica tenen una validesa màxima de cinc anys i, un cop transcorregut aquest termini, han de realitzar un nou curs de formació sanitària específica (inicial o avançada) per renovar-los.

Aprofitant els reconeixements mèdics d'embarcament marítim  es recullen dades que es fan servir per al disseny i posada en marxa de campanyes de divulgació i prevenció sanitàries posteriors.

Constitueixen el quart esgraó d'actuació preventiva que es realitza des dels centres provincials o locals de sanitat marítima (Direccions provincials i locals de l'ISM). Amb aquestes campanyes es pretén d'incidir en el coneixement sanitari del treballador, implicant-lo com a element responsable de la seva salut i aportant els mitjans necessaris per evitar l'aparició de les patologies de major incidència en aquesta població.

Cal destacar, entre d'altres, la realització de les campanyes següents:

• Prevenció de malalties de transmissió sexual, en especial la SIDA.
• Prevenció del paludisme.
• Prevenció de toxicomanies.
• Prevenció de riscos laborals del sector.
• Prevenció d'accidents a bord.
• Prevenció de riscos a coberta.
• Cuida la teva salut mental.
• Beneficis de l’exercici físic a bord.
• Alimentació Saludable.
  

Les campanyes de vaccinació s'efectuen a través dels Centres de Sanitat Marítima de l'ISM, ubicats a les Direccions provincials i Direccions locals de l'ISM, amb actuacions pròpies o en col·laboració amb altres organismes sanitaris públics.

A més a més, molts Centres de Sanitat Marítima realitzen una important labor preventiva amb la vaccinació, en campanyes d'àmbit nacional, provincial o local, contra malalties especialment greus com el tètanus, la grip i l'hepatitis B.