El Programa de Sanidad Marítima recoge todas aquellas competencias y funciones, propias y específicas del Instituto Social de la Marina, en relación con la atención sanitaria de la gente del mar a bordo o en el extranjero. Para elaborar este programa se parte de una concepción totalizadora de la idea de salud en el trabajador del mar, entendiendo por tal, como señala la Organización Mundial de la Salud (OMS), no solo la ausencia de enfermedad sino también el perfecto estado de bienestar mental y social.

Por otra parte, el entorno socio-laboral de los trabajadores del mar, donde están más expuestos a "factores de riesgo" que la población trabajadora en general, justifica la necesidad de un Programa Sanitario Específico para todos los marinos embarcados y en el extranjero, que trate de minimizar aquellos factores que inciden de forma negativa en la salud de los trabajadores del mar y en sus índices de siniestralidad laboral.

En definitiva, el objetivo global y prioritario del Programa de Sanidad Marítima es articular un modelo práctico, basado en mecanismos tanto asistenciales como preventivos que, de forma integral y planificada, oferte y acerque los medios asistenciales y sanitarios que necesita el sector para el desarrollo de su actividad.

Este programa de atención integral se asienta sobre dos pilares de atención bien diferenciados e interrelacionados: el nivel preventivo y el nivel asistencial.