Le programme de Santé maritime aborde toutes les compétences et fonctions, propres et spécifiques à l'Institut social de la marine, en rapport aux soins de santé produgués aux travailleurs de la mer à bord ou à l'étranger. L'élaboration de ce programme a été réalisée sur la base d'une conception globale de l'idée de santé chez les travailleurs de la mer, en tant que, comme l'indique l'Organisation mondiale de la santé, (OMS), non seulement l'absence de maladie mais aussi le parfait état de bien-être mental et social.

D'autre part, l'environnement socioprofessionnel des gens de la mer, plus exposés à des « facteurs de risque » que la population active en général, justifie la nécessité d'un programme sanitaire spécifique pour tous les marins embarqués et à l'étranger, visant à diminuer ces facteurs qui influencent de façon négative la santé des travailleurs de la mer et les indices de risques d'accident de ces derniers.

En définitive, l'objectif global et prioritaire du Programme de santé maritime est de mettre en place un modèle pratiqe, fondé sur des mécanismes à la fois d'assistance et de prévention qui, de manière globale et planifiée, offre et met à la disposition du secteur les moyens d'assistance et sanitaire afin d'assurer le bon fonctionnement des activités.

Ce programme d'assistance intégral repose sur deux piliers bien différenciés et reliés entre eux : la prévention et l'assistance.