El Programa de Sanitat Marítima recull totes aquelles competències i funcions, pròpies i específiques de l'Institut Social de la Marina, en relació amb l'atenció sanitària de la gent de la mar embarcats o a l'estranger. Per elaborar aquest programa es parteix d'una concepció totalitzadora de la idea de salut en el treballador de la mar i s'entén com a tal, com assenyala l'Organització Mundial de la Salut (OMS), no només l'absència de malaltia sinó també el perfecte estat del benestar mental i social.

Per altra banda, l'entorn sociolaboral dels treballadors de la mar, on estan més exposats a "factors de risc" que la població treballadora en general, justifica la necessitat d'un Programa Sanitari Específic per a tots els marins embarcats i a l'estranger, que tracti de minimitzar aquells factors que incideixen de forma negativa en la salut dels treballadors de la mar i en els seus índexs de sinistralitat laboral.

En definitiva, l'objectiu global i prioritari del Programa de Sanitat Marítima és articular un model pràctic, basat en mecanismes tant assistencials com preventius que, de forma integral i planificada, ofereixi i apropi els medis assistencials i sanitaris que necessita el sector per al desenvolupament de la seva activitat.

Aquest programa d'atenció integral es fixa sobre dos pilars d'atenció molt diferenciats i interrelacionats: el nivell preventiu i el nivell assistencial.