La recaptació de les quotes fixes d'Assegurança Escolar es fa a través dels Centres docents que impartixen ensenyaments inclosos en el seu àmbit d'aplicació i que les cobren conjuntament amb l'import de la matrícula corresponent al curs escolar.

Els Centres docents han de fer l'ingrés de las quotes cobrades als estudiants en el termini següent: Des que l'alumne ingressa les quotes fins a l’últim dia del mes següent a l'acabament del termini de matrícula, en qualsevol de les Entitats financeres autoritzades per a actuar com a Oficines Recaptadores en la província on estiga el Centre.

De les liquidacions respectives, els Centres docents estan autoritzats a retindre, per premi de cobrança, la quantitat de 0,02 euros per alumne matriculat i quota ingressada.

Quan es coneixen les quotes abonades pels alumnes en el moment de fer el pagament de la matrícula corresponent, la Tresoreria General de la Seguretat Social sol·licita a la Direcció General d'Avaluació i Cooperació Territorial del Ministeri d'Educació, Cultura i Esport les quotes d'estos alumnes. L'ingrés d'estes quotes s'ha de fer mitjançant un lliurament per part del Ministeri d'Hisenda al compte corrent de la Tresoreria General de la Seguretat Social en el Banc d'Espanya.

Segons l'article 60.4 del Reglament sobre Cotització, l'estudiant que el mateix curs acadèmic es matricule en diversos centres, només abonarà la quota d'un.

Des de juny de 2017 s'han implementat dos nous servicis per a la gestió electrònica de les obligacions derivades de l'Assegurança Escolar. L'accés a estos servicis es podrà fer a través del Sistema RED o de la Seu Electrònica. 

Estos servicis són:

• Emissió de Rebuts de la liquidació de les quotes de l'Assegurança Escolar: permet obtindre un rebut de la liquidació de les quotes de l'assegurança escolar per al pagament electrònic.
• Presentació de la Relació d'Alumnes matriculats de l'Assegurança Escolar: permet presentar telemàticament la relació d'alumnes matriculats.

Per a més informació es pot consultar el "Manual de servicis electrònics per a la gestió de l'Assegurança Escolar" que es troba disponible en la pàgina web, en l'apartat de Sistema RED/Assegurança Escolar.