La recaudación de las cuotas fijas de Seguro Escolar se efectúa a través de los Centros docentes que imparten enseñanzas incluidas en el ámbito de aplicación del mismo, y que las cobran conjuntamente con el importe de la matrícula correspondiente al curso escolar.

Los Centros docentes efectuarán el ingreso de las cuotas cobradas a los estudiantes, en el plazo siguiente: Desde que el alumno ingresa las cuotas hasta el último día del mes siguiente a la finalización del plazo de matrícula, en cualquiera de las Entidades financieras autorizadas para actuar como Oficinas Recaudadoras en la provincia donde esté ubicado el Centro.

De las liquidaciones respectivas, los Centros docentes están autorizados a retener por premio de cobranza, la cantidad de 0,02 euros por alumno matriculado y cuota ingresada.

Una vez conocidas las cuotas abonadas por los alumnos en el momento de pago de la matrícula correspondiente, la Tesorería General de la Seguridad Social procede a la solicitud, a la Dirección General de Evaluación y Cooperación Territorial del Ministerio de Educación, Cultura y Deporte de las cuotas relativas a aquéllos. El ingreso de dichas cuotas se realizará mediante el oportuno libramiento del Ministerio de Hacienda a la cuenta corriente de la Tesorería General de la Seguridad Social en el Banco de España.

Según el artículo 60.4 del Reglamento sobre Cotización el estudiante que en el mismo curso académico se matricule en varios centros, únicamente abonará su cuota en uno de ellos.

Desde junio de 2017 se han implementado dos nuevos servicios para la gestión electrónica de las obligaciones derivadas del Seguro Escolar. El acceso a estos servicios se podrá realizar a través del Sistema RED o de la Sede Electrónica. 

Estos servicios son:

• Emisión de Recibos de liquidación de cuotas de Seguro Escolar: permite obtener un recibo de liquidación de cuotas de seguro escolar para pago electrónico.
• Presentación de la Relación de Alumnos matriculados del Seguro Escolar: permite presentar telemáticamente la relación de alumnos matriculados.

Para mayor información se puede consultar el "Manual de servicios electrónicos para la gestión del Seguro Escolar" que se encuentra disponible en la página web, en el apartado de Sistema RED/Seguro Escolar.