La recaptació de les quotes fixes d'Assegurança Escolar es fa a través dels Centres docents que imparteixen ensenyaments inclosos en el seu àmbit d'aplicació i que les cobren conjuntament amb l'import de la matrícula corresponent al curs escolar.

Els Centres docents han de fer l'ingrés de las quotes cobrades als estudiants en el termini següent: Des que l'alumne ingressa les quotes fins al darrer dia del mes següent a l'acabament del termini de matrícula, a qualsevol de les Entitats financeres autoritzades per actuar com a Oficines Recaptadores a la província on és el Centre.

De les liquidacions respectives, els Centres docents estan autoritzats a retenir, per premi de cobrança, la quantitat de 0,02 euros per alumne matriculat i quota ingressada.

Quan es coneixen les quotes abonades pels alumnes en el moment de fer el pagament de la matrícula corresponent, la Tresoreria General de la Seguretat Social sol·licita a la Direcció General d'Avaluació i Cooperació Territorial del Ministeri d'Educació, Cultura i Esport les quotes d'aquests alumnes. L'ingrés d'aquestes quotes s'ha de fer mitjançant un lliurament per part del Ministeri d'Hisenda al compte corrent de la Tresoreria General de la Seguretat Social al Banc d'Espanya.

Segons l'article 60.4 del Reglament sobre Cotització, l'estudiant que el mateix curs acadèmic es matriculi en diversos centres, només abonarà la quota d'un.

Des de juny de 2017 s'han implementat dos nous serveis per a la gestió electrònica de les obligacions derivades de l'Assegurança Escolar. L'accés a aquests serveis es podrà fer a través del Sistema RED o de la Seu Electrònica. 

Aquests serveis són:

• Emissió de Rebuts de la liquidació de les quotes de l'Assegurança Escolar: permet obtenir un rebut de la liquidació de les quotes de l'assegurança escolar per al pagament electrònic.
• Presentació de la Relació d'Alumnes matriculats de l'Assegurança Escolar: permet presentar telemàticament la relació d'alumnes matriculats.

Per a més informació es pot consultar el "Manual de serveis electrònics per a la gestió de l'Assegurança Escolar" que es troba disponible a la pàgina web, en l'apartat de Sistema RED/Assegurança Escolar.